Stephan Schmidheiny nació el 29 de octubre de 1947. Junto a sus hermanos Thomas, Alexander y Marietta, fueron criados por sus padres Max y Adda Schmidheiny – Scherrer en Heerbrugg, Suiza. Su padre y su tío, Ernst II, expandieron internacionalmente el negocio familiar a través de las compañías Holderbank y Eternit Suiza.
En contra del deseo paterno de estudiar ingeniería para continuar el legado familiar, Stephan Schmidheiny ingresó a la escuela de Derecho de la Universidad Zürich, Suiza, obteniendo en 1972 un doctorado en Jurisprudencia.
Previo a terminar sus estudios, se incorporó de forma intermitente a realizar labores para la compañía familiar. En 1969, con 22 años, realizó una práctica en una fábrica del Grupo Suizo Eternit (SEG) en Brasil, cargando bolsas de asbesto y vertiendo las fibras en el mezclador.
Continuó ligado al Grupo asumiendo temporalmente el cargo de secretario de un alto ejecutivo de la compañía, acompañándolo a recorrer el mundo con el objetivo de monitorear las operaciones internacionales. Posteriormente, ingresó al área de Ventas, Planificación y Sistemas de Información en una de las empresas localizada en Sudáfrica.
En 1974, tras cinco años conociendo en terreno las actividades del Grupo, Stephan se incorporó formalmente a Eternit A.G. en Niederurnen, Suiza, como Jefe de Ventas. Un año más tarde fue nombrado Gerente General y delegado del Consejo de Administración de esta misma planta.
En 1976 su padre Max le cedió a Stephan Schmidheiny la administración general del Grupo Suizo Eternit (SEG), pasando a encabezar a los 29 años un conglomerado de compañías con inversiones en más de 20 países alrededor del mundo.
Entre sus primeras gestiones y, debido al incipiente debate en Europa y Norteamérica sobre los posibles peligros para la salud humana derivados del procesamiento del asbesto, Schmidneiny implementó un sistema de innovación para todas las plantas de Eternit. El programa, denominado “Nueva Tecnología”, tuvo como objetivo minimizar los riesgos asociados al mineral, mediante la instalación de nuevos equipamientos y filtros para reducir al mínimo la concentración de fibras en el aire, además de implementar programas de entrenamiento para el personal. Asimismo, inició un proceso de investigación para el desarrollo de productos libres de asbesto.
Adelantándose en varios años a la prohibición impulsada en diversas partes del mundo del uso de asbesto, Stephan Schmidheiny anunció en 1981 que las compañías ligadas al Grupo Suizo Eternit (SEG) dejarían de fabricar paulatinamente productos con este mineral. Cumpliendo con su anuncio, en 1984 numerosos productos de Eternit reemplazaron el asbesto por un componente en base a pulpa de celulosa.
Es este mismo año, su padre Max Schmidheiny decidió distribuir la herencia familiar en vida. Le cedió el Grupo Suizo Eternit (SEG) a Stephan, mientras que su hermano Thomas recibió la empresa de cemento Holderbank (que años más tarde se transformará en Holcim).