Em 1976, aos 29 anos, Stephan Schmidheiny sucedeu seu pai na direção geral do Grupo Suíço Eternit, SEG. A partir desse momento, começou a realizar algumas mudanças e, motivado pelas pesquisas da época sobre os possíveis danos que o amianto poderia causar à saúde, anunciou a substituição do mineral nos processos industriais das fábricas Eternit. Conseguiu substituir o amianto em grande parte da produção, tornando-se assim pioneiro na eliminação do amianto desde 1984, muito tempo antes da maioria dos governos adotarem qualquer medida a esse respeito.
Essa decisão resultou na necessidade de investir milhões de dólares em operações que reduzissem os riscos associados à manipulação e transporte do mineral, e, por outro lado, diminuiu significativamente a competitividade de suas fábricas em relação ao resto da indústria, pois as outras empresas do ramo continuaram utilizando amianto, o que significava menores custos de produção. Por isso, Schmidheiny foi obrigado a fechar algumas de suas fábricas e, em 1989, ele vendeu suas ações da Eternit.
“Decidi eliminar o amianto da produção devido aos possíveis problemas que o mineral poderiam causar para a saúde das pessoas e para o meio ambiente. Porém, eu também achava que, em uma época onde as preocupações com os riscos para a saúde das pessoas são cada vez maiores e a transparência é cada vez mais importante, seria impossível desenvolver e manter um negócio bem-sucedido utilizando o amianto como base de produção. Essa ideia me fez começar a pensar profundamente as relações entre os negócios e a sociedade. Foi um período difícil, mas foi também uma preparação muito importante para minha futura posição de liderança nos negócios e na área social.”“Stephan Schmidheiny, Minha Visão. Minha Trajetória”, Janeiro de 2006
Durante o período em que participou de indústrias que utilizavam amianto em seus processos de produção, um período de 13 anos entre 1976 e 1989, ele foi o único empresário da época a criar programas para proteger seus funcionários e os vizinhos das fábricas. Naquela época, os governos nem haviam começado a estabelecer seus primeiros regulamentos. Ele precisou de oito anos, de 1976 a 1984, para substituir o amianto por outro material, derivado da polpa de papel. Neste período, seus concorrentes, que já utilizavam o amianto há quase 100 anos, continuaram utilizando o material, maximizando assim seus lucros à custa da saúde das pessoas.
Em contrapartida, Stephan Schmidheiny investiu milhões de dólares em programas de segurança e redução do impacto ambiental e insistia com seus colegas da indústria para que assumissem iniciativas similares. Entretanto, o empresariado do setor continuou priorizando os lucros em detrimento da saúde das populações. Isso fez com que Schmidheiny tivesse que fechar fábricas e acabasse falindo em alguns países devido à perda de competitividade, visto que o setor continuava e continua utilizando amianto em dois terços dos países do planeta.
É no mínimo interessante notar que Stephan Schmidheiny, que entrou na indústria do amianto há quase quarenta anos e se desvinculou dela há vinte e cinco, tenha se tornado um exemplo do setor, sobretudo se considerarmos que ele promoveu a eliminação do uso do amianto durante os treze anos que esteve na liderança da Eternit. Graças à diversificação de seus investimentos, seu patrimônio atual possui pouca relação com o capital originado de sua herança familiar.
Para diversificar seus investimentos, escolheu opções de longo prazo em empresas que necessitavam de reestruturações, geralmente profundas, para dar continuidade às suas operações. Adquiriu também indústrias que estavam em crise, como a relojoaria suíça, que estava seriamente ameaçada pelo vertiginoso desenvolvimento da indústria de relógios japonesa. Decidido, assumiu os riscos e os desafios associados a essas alternativas e, como membro do conselho de administração de grandes empresas europeias como a Nestlé, União de Bancos Suiços, UBS, Grupo Swatch, SMH, Brown Boveri & Cie., ABB, e Wild-Leitz, Leica, contribuiu para a reestruturações e fusões empresariais bem-sucedidas que perduram até os dias de hoje.
Sua energia e campos de ação eram tão inovadores que, da Europa, começou a investir na América Latina através da companhia florestal Terranova (Masisa) e da fábrica de tubos Amanco, empresas que, juntamente com a Plycen, fazem parte da holding Grupo Nueva.
No inicio do novo século XXI, Schmidheiny anunciou seu afastamento da vida pública e das empresas. Doou suas ações do Grupo Nueva para um fideicomisso que permitiria dar sustentabilidade em longo prazo às instituições sem fins lucrativos que havia criado na região, ao longo de uma trajetória reconhecida por sua visão e seus valores.