Stephan Schmidheiny nasceu no dia 29 de outubro de 1947. Ele e seus irmãos Thomas, Alexander e Marietta foram criados pelos pais Max e Adda Schmidheiny – Scherrer, em Heerbrugg, na Suíça. Seu tio, Ernst II, e seu pai expandiram internacionalmente o negócio da família através das empresas Holderbank e Eternit Suíça.
Seu pai queria que ele estudasse engenharia para dar continuidade ao legado familiar, mas Stephan Schmidheiny foi estudar na Faculdade de Direito, da Universidade de Zurique, na Suíça, onde obteve um doutorado em jurisprudência, em 1972.
Antes de concluir os estudos, Stephan começou a trabalhar para a empresa da família de forma intermitente. Em 1969, aos 22 anos, fez um estágio em uma fábrica do Grupo Suíço Eternit (SEG), no Brasil, onde carregava sacos de amianto e colocava as fibras no misturador.
Continuou ligado ao Grupo, assumindo temporariamente o cargo de secretário de um alto executivo da companhia, e o acompanhava em viagens ao redor do mundo para monitorar as operações internacionais. Posteriormente, entrou para a área de Vendas, Planejamento e Sistemas de Informação, em uma das empresas localizadas na África do Sul.
Em 1974, após cinco anos conhecendo em campo as atividades do Grupo, Stephan entrou formalmente para Eternit A.G., em Niederurnen, na Suíça, como Líder de Vendas. Um ano depois, foi nomeado Gerente Geral e Líder do Conselho de Administração dessa mesma fábrica.
Em 1976, seu pai Max cedeu a Stephan Schmidheiny a administração geral do Grupo Suíço Eternit (SEG), e assim, aos 29 anos, ele passou a liderar um grupo de empresas responsáveis por investimentos em mais de 20 países ao redor do mundo.
Logo no início de sua administração, e devido aos debates que começavam a surgir na Europa e na América do Norte sobre os possíveis perigos para a saúde humana gerados pelo processamento do amianto, Schmidneiny criou um sistema de inovação para todas as fábricas da Eternit. O objetivo do programa, denominado “Nova Tecnologia”, era minimizar os riscos associados ao mineral, por meio da instalação de novos equipamentos e filtros para reduzir ao máximo a concentração de fibras no ar, além de criar programas de treinamento para os funcionários. Além disso, iniciou um processo de pesquisa para desenvolver produtos sem amianto.
Assim, muitos anos antes do uso de amianto ser proibido em vários lugares do mundo, Stephan Schmidheiny anunciou, em 1981, que as empresas ligadas ao Grupo Suíço Eternit aos poucos deixariam de fabricar produtos com o referido material. Cumprindo o que havia anunciado, em 1984, vários produtos de Eternit já haviam substituído o amianto por um componente fabricado a partir da polpa de celulose.
Naquele mesmo ano, seu pai, Max Schmidheiny, decidiu distribuir a herança familiar em vida. Stephan recebeu o Grupo Suíço Eternit (SEG) e seu irmão Thomas recebeu a empresa de cimento Holderbank (que, anos mais tarde, veio a se tornar a Holcim).